新生儿科
医院新生儿科成立于1980年，现为国家级临床重点专科、首批全国新生儿围产医学专科医师培训基地、首批国家围产新生儿保健特色专科建设单位、国家临床重点专科围产医学专科联盟主任委员单位、全国新生儿专科医联体副理事长单位、 重庆市市级危重头生儿救治中心等。
现开放床位310张，有新生儿重症监护室、新生儿家化病室、新生儿普通病室及新生儿专科门诊。年住院病人10000余人次，专科门急诊近10万人次，120转运危重头生儿2500余人次，是整体规模全国领先的新生儿诊疗中心。
科室现有医护人员310名，专科医生53名，专科护士257名。正高9名,副高10名；博士研究生导师2名，硕士研究生导师13名，博士19名，硕士37名。拥有国内最先进的危重头生儿转运及抢救设备，在新生儿内科疾病、危重症、超小早产儿综合救治及新生儿外科围手术期监护方面具有丰富的临床经验；联合其他学科开展ECMO、CRRT、脐带间充质干细胞移植等危重头生儿救治技术，成效显著。
胃肠新生儿外科
1965年，儿童医院由上海复旦大学附属医院迁入成立，创立小儿外科。1986年，成立小儿普外科及各专科。2010年正式更名为“胃肠新生儿外科”，2020年更名为“两江普外新生儿外科”。学科在医疗、教学、科研方面已建成为国内领先的专科。
学科现有医生23名，教授/主任医师3名，副教授/副主任医师4名；医学博士4名；护理团队39名，含主任护师1人，副主任护师2人，主管护师9人，专科护士数名。
学科治疗特色包括：肛肠外科相关疾病、新生儿外科相关疾病、普外科常见病、脉管瘤/脉管畸形相关疾病以及腹腔镜微创手术等。